Míg azonban az ókeresztény illetve a római kori eredet komoly feltárás hiányában – egyelőre csak fikció, a megtalált kövek tanúsága szerint az az építmény, amelynek romjaira a későbbi, Szent Rokusnak és Szent Rozáliának szentelt kápolnát emelték, a X-XI. században épülhetett. Nincs adat róla, hogy ez a nyilván egyházi célokat szolgáló épület milyen volt, és arról sem, hogy falaiból mennyi élte túl a középkor sötét, járványoktól sújtott évszázadait.

Tény, hogy amikor az időben az 1711. évhez érkezünk „Pest város tanácsa az ismételten pusztító pestisjárvány megszüntetése végett életbe lépett óvintézkedései között, mivel a járványban Isten büntetését vélte fölismerni a város lakóinak bűneiért, Istennél engesztelő szószónokul és védőszentül Szent Rókust és Szent Rozáliát választotta, végül az evangéliumra fogadkozva megígérte, hogy tiszteletükre kápolnát emeltet…”. És a kápolna még abban az évben fel is épült.

Kibővítésére az 1739-40-es évek nagy pestisjárvány után került sor, amely elkerülte ugyan Pest városát, mégis a rettegő, halálfélelemben élő lakosok Istennek és a két védőszentnek hálát adva, hogy megoltalmazta őket, elhatározták a kápolna megnagyobbítását mostani méretére. 1741-ben, a bővítés megindításakor kezdeményezte Preymeyr György a remeteség bevezetését. A városi tanács 1746-ban remetelakot építtetett a szentély Hátsó falához, azzal a feltétellel, hogy a remetének kötelessége legyen a környék facsemetéinek ápolása.

A remeteséget az egyházhatóság 1798-ban szüntette meg. Az utolsó Rókus-kápolnai remete, András, 1806-ban hunyt el, a szerviták kriptájába temették.

1751 és 1765 között toronnyal és a homlokzatot díszítő szent szobrokkal gazdagodott a kápolna. Állandó központja lett az évenkénti ájtatosságoknak és körmeneteknek. A szentbeszédeket jeles egyházi szónokok tartották.

A közkórház építésekor, 1797-ben, a kápolnát felújították, kialakították a torony sisakjának végleges formáját, a helytartótanács két harangot adományozott. A bejárat fölé zenekarzat épült.